Le système gastro-intestinal est le système d'organes qui assimile, absorbe les nutriments dans la circulation sanguine et lymphatique et élimine les éléments non assimilables.
Le côlon s’étend de la valvule iléocæcale à la charnière rectosigmoïdienne. Il est divisé en 3 parties distinctes disposées en encadrement dans la cavité abdominale. Le colon droit ascendant, le colon transverse au dessus et le colon descendant à gauche. Le tout mesure environ 1,5 m de long pour 8 cm de diamètre. Il abrite la majeure partie du microbiote intestinal.
Le côlon n’est pas indispensable à la vie. Sa fonction principale est d’assurer, grâce a ses capacités motrices et de réabsorption hydrosodée, une déshydratation progressive de l’effluent iléal, aboutissant à la formation des fèces.
Les autres fonctions du côlon (fermentation, métabolisme) sont assurées par le microbiote colique et permettra de récupérer de l’énergie, notamment à partir des nutriments non absorbés dans le grêle. Les bactéries digèrent les fibres cellulosiques pour se nourrir, produisant ainsi de l'acétate, du propionate et du butyrate comme déchets, qui sont à leur tour utilisés comme nutriments par les cellules du côlon.
C'est une relation symbiotique qui fournit tout de même une centaine de calories par jour à l'organisme.